PWM经光耦或者变压器隔离后前后端不一致

首先上图：
基本为PID调节器输出做斜坡补偿后与变压器原边电流比较（峰值电流模式）生成PWM1，PWM1经变压器隔离生成PWM2，PWM2再经变压器隔离生成PWM3驱动MOS管，拓扑采用双管正激电路，开关频率50K，现在问题如下：       输入逐渐加压到到峰值电流起作用时（此时PID控制器起作用，之前PID一直最大输出，PWM波形占空比44%固定不动，此时也存在问题），PWM1（U10第6脚）占空比开始减小并跳动，我用示波器上升沿做触发，用余辉观测PWM1下降沿发现其下降沿在前后抖动，这个可以理解，毕竟母线电压不是绝对稳定，PID调节器在起作用，其下降沿前后抖动的余辉均匀，集中在400ns左右。但此时测量经变压器隔离后的PWM2（PWMA1-PWMA2），测量方法同上，发现PWM2抖动范围较大，在400ns均匀抖动的基础上不定时会向前抖动多达700ns多，即变压器隔离前后波形不一致！
      开始怀疑为变压器隔离的原因，后把变压器去掉采用光耦（6N137以及avago  ACPL-346均试过）进行隔离，发现光耦的前后端波形也存在此情况。但此时如果用示波器同时测量光耦前后端波形，因为变压器两通道不是隔离的，即光耦隔离特性消失，但此时发现前后端波形除延时外几乎一致，波形在400ns均匀抖动，再做实验把光耦前后端地结一起分别测量光耦前后端波形，发现波形均在400ns均匀抖动，波形正常。此问题困扰很长时间了，一直无法想明白是什么导致光耦或者变压器前后端波形不一致，请各位大神们赐教。
      另修改PID控制器参数，降低穿越频率，即图中R10减小，波形抖动会逐渐减小。